El club fue fundado en 1996, con el nombre de Gigantes del Nordeste. La decisión se tomó por parte de Lidom, que buscaba incorporar un nuevo equipo a la Liga, de la que antes sólo eran parte los otros cinco equipos: Tigres del Licey, Estrellas Orientales, Leones del Escogido, Águilas Cibaeñas y Toros del Este.

Así, un grupo de francomacorisanos, encabezados por Julián Javier, ex beisbolista de las Grandes Ligas, lideraron el proyecto. Los primeros tres años de los Gigantes, fue la Liga Dominicana de Béisbol profesional la que definió las directrices del nuevo equipo.

En 1999, tras jugar una pésima temporada que rompió el récord de menor cantidad de juegos ganados, los accionistas decidieron vender el equipo a Julio Hazim, quien lo bautizó como Los Pollos del Cibao. Así permaneció el club durante dos años.

Stanley Javier, ex jugador de la MLB, adquirió entonces el equipo, volviendo a su nombre original: Gigantes. Sólo que, esta vez, los llamó Gigantes del Cibao, como lo conocemos hoy en día.

Los Gigantes del Cibao ganaron por primera vez el Campeonato Nacional en la temporada 2014-2015.